En sus obras iniciales, Pilates concedió especial importancia a la pureza del flujo sanguíneo. Esta pureza podía conseguirse respirando correctamente mientras se hacen los ejercicios, al oxigenarse la sangre y eliminarse los gases nocivos. Joseph H. Pilates llegó a la conclusión de que la mejor técnica respiratoria en Pilates para limpiar los pulmones es una exhalación plena forzada seguida de un hinchado completo de los pulmones mediante una inhalación profunda. Es lo que se denomina inspiración y espiración activas. Pilates estaba convencido de que al poner mayor énfasis en la fase espiratoria era posible eliminar una mayor cantidad del aire impuro que queda en el fondo de los pulmones. En efecto, sólo al espirar completamente podemos expulsar el aire de los lóbulos inferiores de los pulmones, dejando así que penetre aire fresco y limpio. Es lo que ocurre cuando espiramos profundamente al soltar un buen suspiro, ayudando así a liberar tensión y extender el cuerpo.
Sin embargo, actualmente el método Pilates evita realizar en general espiraciones forzadas, ya que considera que la respiración debe ser un proceso natural. Se ha descubierto que el patrón respiratorio de espiración forzada puede conllevar un temprano reclutamiento o un reclutamiento excesivo de los músculos oblicuos del abdomen y alterar la estabilidad de la columna. Puede haber excepciones, como por ejemplo el caso de algún ejercicio que tense el cuerpo, ya que en ese caso emplearemos una forzada técnica respiratoria en Pilates.
Anatómicamente, durante la espiración la caja torácica se cierra hacia dentro y hacia abajo, mientras que la columna se flexiona ligeramente. Por esta razón se recomienda una espiración cuando se pretenda favorecer la flexión de la columna. Durante la inspiración, en cambio, la caja torácica se abre hacia fuera y hacia arriba a medida que se extiende la columna. Se recomienda pues una inspiración cuando se pretenda favorecer la extensión de la columna, para ayudar a mantener el abdomen fortalecido y como apoyo de la columna lumbar.
En la práctica actual y en la formación de Pilates se propone un patrón respiratorio basado en la premisa de que una correcta respiración durante el ejercicio facilita la oxigenación apropiada de la sangre, ayuda a relajar los músculos y evita la tensión innecesaria del cuerpo. La respiración superficial, que involucra sólo a la parte superior de la caja torácica, conlleva un uso excesivo de los músculos respiratorios accesorios, creando tensión en el área del cuello y la espalda. La respiración profunda hasta la parte inferior de la cavidad abdominal tampoco sería una alternativa eficaz, ya que relaja por completo los músculos abdominales, dejando la espalda sin protección durante el ejercicio. La respiración que se propone como más eficaz expande la parte inferior de la caja torácica en tres dimensiones, dando especial importancia a la expansión lateral y a la apertura de la cara posterior de la caja torácica, que son las zonas que tienden a ser las más abandonadas. También es clave la respiración en los lóbulos inferiores de los pulmones, ya que de esta manera se permite un intercambio de gases más eficaz.
Este patrón respiratorio favorece el empleo de los músculos estabilizadores profundos del tronco, reclutando el músculo transverso abdominal primero, y los oblicuos después. Se trabaja simultáneamente el suelo pélvico y el multífido con el transverso. Esto proporciona una mayor estabilidad en la pelvis y la columna, particularmente en la zona lumbar. Los músculos superficiales se relajan, y conectamos con las raíces internas del cuerpo, dejando que la columna, las piernas y los brazos floten como prolongaciones de nuestro centro. Todos nuestros movimientos son dirigidos desde estos músculos situados en posición central. La fuerza y la energía permanecen ocultas en el interior, mientras que el rostro, el cuello, las manos y los pies se relajan, disipando la tensión superficial y creando un aspecto grácil y natural.